En la era del amateurismo como Unión Indulana y a luego como Atlético Municipal, los colores eran el verde y el rojo. Se utilizaban dentro del uniforme en dos mitades que dividian verticalmente por la mitad la camisa, la pantaloneta era roja totalmente y las medias también. En 1954 cambió su camiseta roja y verde por una totalmente verde, y su pantaloneta roja por una negra, con este uniforme fue campeón en 1954.

En 1957 cambió totalmente su pantaloneta negra por una blanca y medias también blancas, para que tuviera los colores de la bandera de Antioquia, utilizando una camisa verde fondo entera, este uniforme lo utilizó hasta 1970, cuando el ex presidente Hernán Botero Moreno, decidió cambiar la camisa verde, por una con rayas verticales verdes, para hacer que sus jugadores se vieran más corpulentos y fuertes a la hora de jugar.

En 1978 con el primer patrocinador del equipo, Nacional tuvo que volver a la clásica camisa verde fondo entera para que se pudiera ver el nombre de Kawasaki,  en 1979 el club vuelve a la camisa a rayas y se inserta un raro logo del Hotel Nutibara en la camisa que la hace ver estéticamente mal, la camisa fondo entero pasa a ser el segundo uniforme.

En 1981 modificó un poco el segundo uniforme en el que se cambiaban las mangas verdes por blancas y el resto era verde, este uniforme no gustó mucho en la hinchada ya que les gustaba algo más tradicional. En 1986 cambió la pantaloneta del uniforme titular por una verde oscura que la hacía ver con la camisa en un raro contraste ya que la camisa era rayas verdes pero de tonalidad clara.

En 1987 se vuelve a utilizar la camisa verde fondo entera hechas por D´LEON una marca que imitaba los uniformes de Adidas. Entre 1988 y 1989 Nacional volvió a la camisa a rayas, y utilizó la de fondo entero como segundo uniforme, la cual utilizó en gran parte de la Copa Libertadores que ganó, inclusive en la final en Bógota.

En 1989 utiliza un diseño exclusivo de la marca Puma en la Copa Intercontinental, diseño que se vio únicamente en ese partido y que en su diseño hizo ver al equipo muy elegante. De 1990 a 1994 Nacional volvió a la camisa verde fondo entera con la marca Torino, y con la insignia de la Copa Libertadores en su pecho.

En 1994 Nacional luce los diseños de Adidas, la cual era la camisa verde fondo entero con detalles blancos. En 1996 el equipo volvió a las rayas pero esta vez más anchas y con detalles más visibles. En 1999 el club es vestido por Puma, y tuvo un curioso segundo uniforme con la camisa verde y pequeñas rayas blancas.

En 2001 Converse viste al equipo. En 2003 Umbro saca un diseño con la camisa verde a rayas y una pantaloneta negra como en 1954, en 2005 vuelve la pantaloneta blanca y un nuevo diseño de Umbro para la camisa, este diseño fue muy criticado por ser anticuado para un equipo tan grande y por no llevar un estilo propio, en 2006 se coloca un verde más claro en la camisa a rayas, y se saca un segundo uniforme con rayas negras y blancas en la camisa, pantaloneta y medias negras, la hinchada la rechazó tanto que pensaron que era de mala suerte, ya que fue la que utilizaron en la Copa Libertadores 2006 donde fueron eliminados rápidamente.

En 2007 el año del bicampeonato Umbro saca un diseño muy sobrio para el primer uniforme, el segundo era todo blanco si ningún detalle verde, y el tercer uniforme fue una camisa verde limón con pantaloneta negra y medias negras, un diseño que extraño a los hinchas ya que nunca había sido utilizado. En 2008 Nacional saca un diseño patrocinado por Marathon, este ha sido el más criticado en toda la historia del club, por su simpleza, por mostrar mediocridad el realizar el diseño. En 2009 vuelve Adidas al equipo y con ello diseños más sobrios. En 2010 Adidas saca un exclusivo diseño para Nacional en el cual se destacan los valores de la cultura Antioqueña, como pureza, identidad, obediencia, elocuencia, triunfo, nuestras montañas, y esperanza entre otras.

El himno del club no es muy conocido ya que en los partidos oficiales, ya sea por Liga, por Copa o por torneo Internacional siempre se entona el himno de Antioquia, algo que para los antioqueños es más significativo en su cultura.

Salve equipo del fútbol glorioso
que a la patria honor debes dar,
Y a tus hinchas como gran coloso
La anhelada victoria brindar

NACIONAL, el coraje es tu lema
Y estandarte su fuerza vital,
Gallardía y honor son tu emblema
A triunfar NACIONAL, NACIONAL

La bandera orgullosa en tus manos
Flota altiva en toda ciudad
Por Colombia los verdes luchamos
Con pujanza y gran dignidad

Orgullosa de ti la montaña
Este himno te quiere cantar
Y la gloria que al grande acompaña
Con valor la sabrás conquistar

NACIONAL, son tus hombres colosos
Que se entregan con ansia a luchar
Viven todos del nombre orgullosos
Y su única meta es ganar

Los estadios se llenan ansiosos
Y es tu nombre su grito triunfal
De la lucha salís victorioso
Como gran campeón NACIONAL