La idea de realizar por segunda vez una Copa Mundial en Alemania surgió en el comité general de la Deutscher Fußball-Bund, en noviembre de 1992. El presidente de dicha asociación Egidius Braun, y el director de prensa Wolfgang Niersbach fueron los más entusiastas promotores de la idea, que concitó apoyo tanto dentro del país como en algunas asociaciones internacionales cercanas. A fines de 1996, uno de los íconos del deporte alemán, Franz Beckenbauer, se integró al equipo y desde 1998 lideró el comité de la candidatura.

Alemania presentó oficialmente su candidatura junto a las de Brasil, Inglaterra, Marruecos y Sudáfrica. Sudáfrica figuraba como la favorita debido al planteamiento de rotación continental: se esperaba que África albergara por primera vez un Mundial. Siguiendo un planteamiento similar, Corea del Sur y Japón habían sido previamente elegidos para organizar el torneo de 2002 por primera vez en tierras asiáticas.

El sorteo se realizó en Zúrich, el 7 de julio de 2000. Brasil retiró su candidatura tres días antes y apoyó oficialmente a Sudáfrica, que también recibió el apoyo del presidente de la FIFA, Joseph Blatter, aupado a dicho puesto gracias al apoyo unánime de la CAF. "¡Hagamos historia! Llevemos el Mundial a África", dijo el presidente de la FIFA momentos antes de la votación. En la primera vuelta, Marruecos obtuvo 3 votos contra 5 de Inglaterra, 6 de Sudáfrica y 10 de Alemania, y quedó eliminado. En la ronda siguiente se descartó la candidatura de Inglaterra, que obtuvo 2 votos mientras los restantes participantes empataban a 11. En la última votación, los pronósticos auguraban un empate a 12 votos, lo que habría dejado la decisión en manos de Blatter, quien se habría presumiblemente decantado por la candidatura sudafricana. Sin embargo, la votación terminó con 12 votos para Alemania, 11 para Sudáfrica y una abstención del representante neozelandés, Charles Dempsey.

La elección de Alemania como sede, desplazando a Sudáfrica (que obtendría finalmente la organización de la Copa Mundial de Fútbol de 2010), se debió a diversos factores. Uno de ellos es la disputa por el número de cupos de Asia para la Copa Mundial de 2002; Blatter en dicha situación apoyó mantener el número en cuatro mientras que el presidente de la UEFA propuso un quinto puesto de repechaje, que fue finalmente aceptado. Durante la votación, los cuatro representantes asiáticos apoyaron en bloque la candidatura europea en detrimento de la defendida por Blatter. Además, Dempsey, que había votado a favor de Inglaterra, fue supuestamente convencido por los delegados de Asia para abstenerse.

La polémica con respecto a la decisión de Dempsey aumentó cuando se difundió el rumor de que había recibido sobornos por parte de los alemanes. Dicha situación se aclaró finalmente: el origen del rumor parece haber sido una carta de la revista alemana de humor Titanic enviada a diversos delegados (entre ellos, Dempsey) ofreciéndoles un reloj cucú y jamón a cambio de su voto por Alemania.