Uniforme titular: Camiseta con franjas azules oscuras y blancas, pantalón azul oscuro, medias azul oscuro.
Uniforme alternativo: Camiseta blanca con cruces oscuras en el pecho, dorsal y mangas; pantalón blanco con cruces oscuras a los lados y medias azules oscuras.
Uniforme especial: Comúnmente es igual al titular, pero morado en vez de azul. En la temporada 2010 consta de una camiseta morada con cruces blancas en el pecho, dorsal y mangas; pantalón morado con cruces blancas a los lados y medias moradas. Este uniforme se utiliza en octubre, ya que es el mes del Señor de los Milagros y dicho color identifica a sus seguidores.
El primer uniforme
Algunos de los jóvenes fundadores de Alianza tuvieron ascendencia italiana. Por ello surgió la historia de la primera camiseta aliancista. Un miembro fundador, Eduardo Pedreschi, hijo junto a Carlos de una familia de inmigrantes italianos llegados al Perú en 1874, le encargó a sus hermanas que confeccionaran los primeros uniformes. Ellas, para que su progenitora no se ofuscase, tomaron los colores de la bandera de Italia, por lo que el primer uniforme lució camisetas verdes y pantalones blancos. Más adelante se usaron el azul, el blanco y el negro, colores de la caballeriza Alianza. La camiseta alterna de entonces era roja. El diseño y colores actuales se vieron por primera vez entre los años 1912 y 1919.
El uniforme morado
Hasta donde se sabe, Alianza Lima es el único club del mundo que modifica sus colores originales durante un tiempo determinado por motivos religiosos. La razón es la devoción que tiene el club hacia el Señor de los Milagros. Se dice que José Carrión fue quien impulsó la práctica de portar uniformes especiales en octubre. Como utilero del primer equipo y apelando a su condición de devoto, mandó a confeccionar una indumentaria que tuviera el morado como color principal, pues esa tonalidad es la que siempre ha identificado a los fieles.
La revista Don Balón Perú, en su edición del 26 de octubre de 1998, señala que el 25 de septiembre de 1955 Alianza Lima se presentó por primera vez con camiseta Ãntegramente morada, pantalón blanco y medias moradas; ante la sorpresa general de los aficionados. Por ese hecho, desde la tribuna, el dirigente Alfonso de Souza Ferreira despidió a Carrión por encontrarlo responsable de lo que consideraba, un atentado a la historia aliancista. No obstante, al ver el resultado final de 2-1 favorable al cuadro Ãntimo, el dirigente se calmó y le recomendó adecuar el color morado al diseño tradicional. El siguiente domingo, 2 de octubre, Alianza salió al campo de juego con camisetas blanquimoradas frente al Deportivo Municipal. El partido finalizó con victoria de Alianza (1-0), por lo que empezó la tradición.
Sin embargo, existen pruebas que comprueban datos erróneos contenidos en la revista. Las fechas de los partidos son correctas, pero Alianza no se presentó con camisetas moradas en 1955. La fecha real y comprobada en donde la tradición fue oficialmente constituida es el 3 de octubre de 1971, en un partido frente a Sporting Cristal en el estadio Nacional. El resultado del partido fué un triunfo aliancista por 2-0, con goles de Teófilo Cubillas y César Cueto.