En la Copa Libertadores 1972, el club consiguió avanzar hasta la final del torneo con un equipo suplente, pues sus principales futbolistas se encontraban con la selección de fútbol del Perú en la denominada "Gira de los Tres Continentes". Universitario formó parte del Grupo 4 junto con Alianza Lima, Universidad de Chile y Unión San Felipe. El primer encuentro fue el clásico del fútbol peruano, logrando una victoria por 2-1. Los dos siguientes encuentros se disputaron en Santiago contra la Universidad de Chile siendo derrotado 1-0 y contra Unión San Felipe con el que empató 0-0. La escuadra estudiantil regresó al Perú para enfrentarse al Alianza Lima, obteniendo un empate por 2-2. En los dos últimos encuentros recibió en Lima a la Unión San Felipe y a la Universidad de Chile, donde consiguió dos victorias por 3-1 y 2-1 respectivamente, obteniendo 8 puntos, lo cual le permitió avanzar a la siguiente ronda como primero del grupo.
En las semifinales fue agrupado con Peñarol y Nacional de Uruguay. En el primer encuentro perdió con Peñarol 3-2 en Lima, pero luego se recuperó venciendo al Nacional por marcador de 3-0. Universitario viajó a Uruguay, donde obtuvo dos empates: 3-3 contra Nacional y 1-1 contra Peñarol. La "U" habÃa acumulado 4 puntos y solo quedaba un encuentro por disputar entre Peñarol y Nacional, que tenÃan 4 y 2 puntos respectivamente. Los tres equipos tenÃan oportunidad de pasar a la final. Peñarol solo necesitaba un empate, mientras que Nacional necesitaba una victoria por 5 goles de diferencia. El encuentro finalizó 3-0 a favor del Nacional permitiendo al equipo peruano pasar a la final ya que tenÃa una mejor diferencia de goles. La final la disputó contra el Club Atlético Independiente de Argentina. El encuentro de ida se realizó en Lima donde empataron 0-0, mientras que el encuentro de vuelta finalizó con marcador de 2-1 a favor de los argentinos. Aunque Universitario no se quedó con el tÃtulo, consiguió ser el primer club peruano y el primero de un paÃs no perteneciente al Cono Sur en alcanzar la final de la Copa Libertadores de América.