El Central Uruguay Railway Cricket Club fue fundado el 28 de septiembre de 1891, debido al impulso de empleados y obreros del Central Uruguay Railway Company of Montevideo, Limited (CUR), compañÃa de propiedad inglesa que operaba en Uruguay desde 1878. De los 118 miembros impulsores del club, 72 eran de nacionalidad inglesa, 45 uruguayos y uno alemán. Debido a lo complicado que resultaba el nombre de la institución para la época, el club fue habitualmente conocido como CURCC o Peñarol, este último en referencia a la localidad del mismo nombre ubicada a 10 kilómetros de Montevideo[10] (actualmente es un barrio de dicha ciudad) y en donde se encontraban las instalaciones del CUR y el club en aquellos años. El primer presidente de la novel institución fue Frank Henderson, quien permaneció en dicho cargo hasta 1899.
En 1892, el CURCC incorporó el fútbol a sus prácticas deportivas, dejando de esta manera relegados al rugby y al cricket, deportes que habÃan tenido preponderancia en el club hasta ese momento.[12] El primer encuentro disputado por el club de fútbol fue frente a un combinado de alumnos del English High y finalizó con victoria del CURCC por 2-0. En 1895, el club escogió como capitán a Julio Negrón, siendo este el primer futbolista uruguayo del club en ostentar dicho galardón, ya que hasta ese instante solamente jugadores ingleses habÃan tenido esa distinción.
En 1900 el CURCC se constituyó como una de las cuatro entidades fundadores de la Uruguay Association Football League, debutando en la competencia oficial de ésta, el 10 de junio, frente al Albion Football Club con victoria de 2-1. A fines de dicha temporada el CURCC se adjudicó por primera ocasión el Campeonato Uruguayo, logro que repitió en 1901, 1905 y 1907. Sin embargo en 1906, año en que asumió la administración del CUR el Sr. Charles W. Bayne, quien rechazó presidir el club argumentando los continuos problemas económicos y laborales que este acarreaba, siendo este el punto de partida de una serie de conflictos entre la empresa y el CURCC que finalizarÃan con la escisión de la sección de fútbol en 1913.
El 19 de septiembre de 1908, el club se retiró de la Liga Uruguaya molesto por la decisión de no repetir el encuentro frente el F.C. DublÃn, en el que el CURCC cayó por 2-3 en condición de visitante, derrota que a juicio del club se debió a errores arbitrales, provocados por la presión del público local sobre el juez del partido. Tras retornar a la competencia en 1909, los desencuentros entre el CUR y el club se acentuaron después de que un grupo de hinchas del equipo de Peñarol quemase uno de los vagones que se utilizaban para transportar a los jugadores de equipos rivales.
Luego de un nuevo campeonato en 1911, al año siguiente se organizó una comisión de estudio a fin de reformar los estamentos del CURCC. Entre las propuestas se incluyó la mayor participación de socios que no fuesen empleados del CUR, asà como el cambio de nombre de la institución a "CURCC Peñarol". En junio de 1913, la asamblea directiva del CURCC desestimó estas propuestas; el motivo principal de esta decisión fue que la empresa deseaba disociar al club de la Villa Peñarol a causa de los perjuicios que en torno a esta se habÃan formado, relacionados principalmente con la violencia. No obstante, de acuerdo a la versión oficial, en noviembre de ese año el CURCC aprueba la entrega de la sección de fútbol a los socios en vista de la intención de estos de continuar con el club aunque este fuese disuelto, petición que habÃa sido entregada por estos al CURCC el 15 de noviembre de 1913. Finalmente el 13 de diciembre de ese mismo año, la sección de fútbol se separó completamente de la empresa, conservando el nombre de CURCC Peñarol.
Es en este punto donde surge el principal dilema, donde la versión oficial es que CURCC Peñarol serÃa la continuación histórica de la sección de fútbol del club fundado en 1891, otra postura liderada por allegados al Club Nacional señala que el CURCC Peñarol constituyó desde un primer momento una entidad totalmente independiente, sin relación alguna, más allá de heredar su tradición, con el CURCC, el cual desapareció definitivamente el 22 de enero de 1915, estipulando en su acta de disolución la cesión de parte de sus bienes al Hospital Británico, asà como de los trofeos obtenidos en el cricket al Club Atlético Peñarol.
El 12 de marzo de 1914 el CURCC cambió oficialmente su nombre por el de Club Atlético Peñarol. Reforma que fue informada a Liga Uruguaya de Football, entidad rectora del fútbol uruguayo en esa época, el 14 de marzo, siendo aprobada por esta y todos sus clubes asociados el 17 de marzo. Finalmente, el 13 de abril de ese año el poder ejecutivo otorgó personalidad jurÃdica al club.
En sus primeros años bajo la denominación de Peñarol, el club no consiguió realizar grandes actuaciones, siendo durante este perÃodo el acontecimiento más importante la inauguración del Estadio Las Acacias el 19 de mayo de 1916. Los primeros campeonatos del club, con su nombre actual, llegaron en 1918 y 1920. Sin embargo, el 12 de noviembre de 1922 la Asociación Uruguaya de Fútbol (AUF) decidió desafiliar a Peñarol luego de que este transgrediera los reglamentos de la asociación al disputar un encuentro amistoso frente a Racing Club de Avellaneda, club perteneciente a la Asociación Amateurs de Football de Argentina, entidad disidente de la Asociación Argentina de Football. Debido a lo anterior, el 22 de noviembre de ese mismo año Peñarol, en conjunto con otros clubes, dieron vida a la Federación Uruguaya de Football, asociación paralela no asociada a la FIFA, de la que se consagró campeón en 1924. En 1926, Peñarol se adjudicó la Copa del Consejo Provisorio, competencia surgida tras la reunificación del fútbol uruguayo (AUF y FUF) acontecida un año atrás.
Tras realizar por primera vez una gira por Europa en 1927, Peñarol volvió a alzarse con el Campeonato Uruguayo en 1928 y 1929. En este último año se declaró a Julio MarÃa Sosa como primer presidente honorario del club. Al año siguiente, Peñarol disputó por primera vez un partido oficial en el Estadio Centenario de Montevideo, el cual finalizó con victoria por 1-0 sobre Olimpia.